Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud dalam
Pasal 2, RS dr. Suyoto menyelenggarakan fungsi:
a. pelaksanaan pelayanan kesehatan, pelayanan medik, dan penunjang medik khususnya bagi penyandang disabilitas personel Kementerian Pertahanan/TNI;
b. penelitian dan pengembangan di bidang rehabilitasi medik komprehensif;
c. pelayanan rujukan teknis rehabilitasi medik;
d. pelayanan siaga kesehatan;
e. pengembangan profesi kesehatan melalui komite medik, keperawatan, dan staf fungsional tenaga kesehatan di lingkungan RS dr. Suyoto;
f. pelaksanaan evaluasi dan pengawasan internal;
g. kerja sama dengan instansi atau pihak lain dalam rangka pengembangan pelayanan kesehatan; dan
h. pelaksanaan administrasi umum di bidang perencanaan, program dan anggaran, tata usaha, keuangan, data dan informasi, kepegawaian, kerumahtanggaan, serta fasilitas kesehatan Rumah Sakit.