Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud dalam Pasal 2, BRIN menyelenggarakan fungsi:
a. pelaksanaan pengarahan dan penyinergian dalam penyusunan perencanaan, program, anggaran, dan Sumber Daya Ilmu Pengetahuan dan Teknologi bidang Penelitian, Pengembangan, Pengkajian, dan Penerapan;
b. perumusan dan penetapan kebijakan di bidang standar kualitas lembaga penelitian, sumber daya manusia, sarana dan prasarana riset dan teknologi, penguatan inovasi dan riset serta pengembangan teknologi, penguasaan alih teknologi, penguatan kemampuan audit teknologi, perlindungan Hak Kekayaan Intelektual percepatan penguasaan, pemanfaatan, dan pemajuan riset dan teknologi;
c. koordinasi penyelenggaraan Sistem Nasional Ilmu Pengetahuan dan Teknologi;
d. penyusunan rencana induk ilmu pengetahuan dan teknologi;
e. fasilitasi pelindungan Kekayaan Intelektual dan pemanfaatannya sebagai hasil Invensi dan Inovasi nasional sesuai ketentuan peraturan perundang- undangan;
f. penetapan wajib serah dan wajib simpan atas seluruh data primer dan keluaran hasil penelitian, pengembangan, pengkajian, dan penerapan;
g. penetapan kualifikasi profesi peneliti, perekayasa, dan sumber daya manusia Ilmu Pengetahuan dan Teknologi;
h. fasilitasi pertukaran informasi Ilmu Pengetahuan Teknologi antarunsur Kelembagaan Pengetahuan dan Teknologi;
i. pengelolaan sistem informasi Ilmu Pengetahuan dan Teknologi nasional;
j. pembinaan penyelenggaraan Ilmu Pengetahuan dan Teknologi;
k. perizinan pelaksanaan kegiatan Penelitian, Pengembangan, Pengkajian, dan Penerapan serta Invensi dan Inovasi yang berisiko tinggi dan berbahaya dengan memperhatikan standar nasional dan ketentuan yang berlaku secara internasional;
l. pengawasan terhadap perencanaan dan pelaksanaan Penyelenggaraan Ilmu Pengetahuan dan Teknologi
sesuai dengan
pemajuan Ilmu Pengetahuan dan Teknologi;
m. koordinasi dan sinkronisasi pelaksanaan kebijakan di bidang kelembagaan, sumber daya, penguatan riset dan pengembangan, serta penguatan inovasi ilmu pengetahuan dan teknologi;
n. pemberian izin tertulis kegiatan penelitian dan pengembangan oleh perguruan tinggi asing, lembaga penelitian dan pengembangan asing, badan usaha asing, dan orang asing di wilayah Negara Kesatuan Republik INDONESIA;
o. pemberian izin tertulis kegiatan penelitian dan pengembangan terapan ilmu pengetahuan dan teknologi yang berisiko tinggi dan berbahaya sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan;
p. koordinasi pelaksanaan tugas, pembinaan, dan pemberian dukungan administrasi kepada seluruh unsur organisasi di lingkungan BRIN;
q. pengelolaan barang milik/kekayaan negara yang menjadi tanggung jawab BRIN; dan
r. pengawasan atas pelaksanaan tugas di lingkungan BRIN.