Kantor Kementerian Agama Kabupaten Nagekeo, Kantor Kementerian Agama Kabupaten Sumba Tengah, dan Kantor Kementerian Agama Kabupaten Sumba Barat Daya sebagaimana dimaksud dalam Pasal 1 adalah instansi vertikal Kementerian Agama yang berada di bawah dan bertanggung jawab langsung kepada Kepala Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Nusa Tenggara Timur.
(1) Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud dalam Pasal 3, Kantor Kementerian Agama Kabupaten menyelenggarakan fungsi:
a. perumusan kebijakan teknis operasional dan penyusunan rencana kerja Kementerian Agama Kabupaten sesuai dengan kebijakan Kementerian Agama;
b. pengorganisasian dan pembimbingan pelaksanaan kegiatan di lingkungan Kementerian Agama Kabupaten;
c. pelaksanaan program yang meliputi pembinaan, pelayanan dan penyelenggaraan urusan agama, pendidikan agama dan keagamaan, penyelenggaraan haji dan umrah, pengelolaan zakat, pengelolaan wakaf, dan kerukunan umat beragama;
d. pengelolaan administrasi dan informasi di lingkungan Kementerian Agama Kabupaten;
e. pengelolaan barang milik/kekayaan negara yang menjadi tanggung jawab Kementerian Agama Kabupaten;
f. pengendalian program dan pelaporan pelaksanaan tugas Kementerian Agama Kabupaten.
(2) Dalam pelaksanaan fungsi sebagaimana dimaksud pada ayat (1) Kementerian Agama Kabupaten berkoordinasi dengan Pemerintah Daerah, instansi terkait dan lembaga sosial keagamaan yang berada di wilayah kabupaten.
(1) Subbagian Tata Usaha mempunyai tugas melakukan koordinasi perumusan kebijakan, pelayanan dan pembinaan administrasi kepada seluruh satuan organisasi dan/atau satuan kerja di lingkungan Kantor Kementerian Agama Kabupaten berdasarkan kebijakan teknis yang ditetapkan oleh Kepala Kantor Kementerian Agama Kabupaten.
(2) Seksi Pendidikan dan Bimbingan Masyarakat Islam mempunyai tugas melakukan pelayanan dan bimbingan di bidang pendidikan madrasah, pendidikan agama Islam, pendidikan diniyah dan pondok pesantren, pengelolaan kepenghuluan, pembinaan Kantor Urusan Agama Islam (KUA) dan keluarga sakinah, pemberdayaan masjid, pembinaan syariah dan hisab rukyat, penerangan agama Islam, pengelolaan zakat, pengelolaan wakaf, serta sistem informasi manajemen pendidikan dan bimbingan masyarakat Islam
(3) Seksi Bimbingan Masyarakat Kristen mempunyai tugas melakukan pelayanan dan bimbingan di bidang pengelolaan lembaga dan keesaan gereja, penyuluhan dan tenaga teknis keagamaan, seni budaya dan keagamaan, pendidikan agama dan pendidikan keagamaan Kristen, serta sistem informasi manajemen bimbingan masyarakat Kristen.
(4) Seksi Urusan Agama Kristen mempunyai tugas melakukan pelayanan dan bimbingan di bidang pengelolaan lembaga dan keesaan gereja, penyuluhan dan tenaga teknis keagamaan, seni budaya dan keagamaan, serta sistem informasi manajemen urusan agama Kristen.
(5) Seksi Pendidikan Agama Kristen mempunyai tugas melakukan pelayanan dan bimbingan di bidang pengelolaan pendidikan agama kristen pada jenjang pendidikan tingkat dasar dan tingkat menengah, pendidikan keagamaan, serta sistem informasi manajemen pendidikan agama Kristen.
(6) Seksi Bimbingan Masyarakat Katolik mempunyai tugas melakukan pelayanan dan bimbingan di bidang pengelolaan lembaga dan sarana keagamaan, penyuluhan dan tenaga teknis keagamaan, pendidikan agama dan pendidikan keagamaan Katolik, serta sistem informasi manajemen bimbingan masyarakat Katolik.
(7) Seksi Urusan Agama Katolik mempunyai tugas melakukan pelayanan dan bimbingan di bidang pengelolaan lembaga keagamaan, penyuluhan dan tenaga teknis keagamaan, pembinaan sarana keagamaan serta sistem informasi manajemen urusan agama Katolik.
(8) Seksi Pendidikan Agama Katolik mempunyai tugas melakukan pelayanan dan bimbingan di bidang pengelolaan pendidikan agama Katolik pada jenjang pendidikan tingkat dasar dan tingkat menengah, pendidikan keagamaan, serta sistem informasi manajemen pendidikan agama Katolik
(9) Penyelenggara Haji dan Umrah mempunyai tugas melakukan pelayanan dan bimbingan di bidang pengelolaan pendaftaran dan sistem informasi haji, pembinaan haji, perjalanan dan dokumen, akomodasi dan Biaya Perjalanan Ibadah Haji (BPIH) serta penyuluhan haji dan umrah.
(10) Penyelenggara Bimbingan Masyarakat Katolik mempunyai tugas melakukan bimbingan dan pelayanan di bidang keagamaan pada masyarakat Katolik yang meliputi urusan agama Katolik, pendidikan agama dan pendidikan keagamaan Katolik serta sistem informasi manajemen bimbingan masyarakat Katolik.