Kantor Kementerian Agama Kota Kotamobagu, Kantor Kementerian Agama Kabupaten Minahasa Tenggara, Kantor Kementerian Agama Kabupaten Bolaang Mongondow Utara, dan Kantor Kementerian Agama Kabupaten Kepulauan Siau Tagulandang Biaro sebagaimana dimaksud dalam Pasal 1 adalah instansi vertikal Kementerian Agama yang berada di bawah dan bertanggung jawab langsung kepada Kepala Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Sulawesi Utara.
(1) Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud dalam Pasal 3, Kantor Kementerian Agama Kabupaten/Kota menyelenggarakan fungsi:
a. perumusan kebijakan teknis operasional dan penyusunan rencana kerja Kementerian Agama Kabupaten/Kota sesuai dengan kebijakan Kementerian Agama;
b. pengorganisasian dan pembimbingan pelaksanaan kegiatan di lingkungan Kementerian Agama Kabupaten/Kota;
c. pelaksanaan program yang meliputi pembinaan, pelayanan dan penyelenggaraan urusan agama, pendidikan agama dan keagamaan, penyelenggaraan haji dan umrah, pengelolaan zakat, pengelolaan wakaf, dan kerukunan umat beragama;
d. pengelolaan administrasi dan informasi di lingkungan Kementerian Agama Kabupaten/Kota;
e. pengelolaan barang milik/kekayaan negara yang menjadi tanggung jawab Kementerian Agama Kabupaten/Kota;
f. pengendalian program dan pelaporan pelaksanaan tugas Kementerian Agama Kabupaten/Kota.
(2) Dalam pelaksanaan fungsi sebagaimana dimaksud pada ayat (1) Kementerian Agama Kabupaten berkoordinasi dengan Pemerintah Daerah, instansi terkait dan lembaga sosial keagamaan yang berada di wilayah kabupaten/kota.
(1) Subbagian Tata Usaha mempunyai tugas melakukan koordinasi perumusan kebijakan, pelayanan dan pembinaan administrasi kepada seluruh satuan organisasi dan/atau satuan kerja di lingkungan Kantor Kementerian Agama Kabupaten/Kota berdasarkan kebijakan teknis yang ditetapkan oleh Kepala Kantor Kementerian Agama Kabupaten/Kota.
(2) Seksi Pendidikan Islam mempunyai tugas melakukan pelayanan dan bimbingan di bidang pengelolaan pendidikan madrasah, pendidikan agama Islam, pendidikan diniyah dan pondok pesantren, ketenagaan dan sistem informasi manajemen pendidikan Islam.
(3) Seksi Urusan dan Penerangan Agama Islam mempunyai tugas melakukan pelayanan dan bimbingan di bidang pengelolaan kepenghuluan dan pembinaan Kantor Urusan Agama (KUA), pembinaan keluarga sakinah, pemberdayaan masjid, pembinaan syariah dan hisab rukyat penyuluhan agama Islam dan pembinaan majelis taklim, seni budaya, Hari Besar Islam (HBI), musabaqoh dan pengembangan tilawatil Qur'an, kerjasama lembaga keagamaan serta sistem informasi manajemen urusan agama Islam.
(4) Seksi Penyelenggaraan Haji dan Umrah mempunyai tugas melakukan pelayanan dan bimbingan di bidang pengelolaan pendaftaran dan sistem informasi haji, pembinaan haji, perjalanan dan dokumen, akomodasi dan Biaya Perjalanan Ibadah Haji (BPIH), serta penyuluhan haji dan umrah.
(5) Seksi Pendidikan dan Bimbingan Masyarakat Islam mempunyai tugas melakukan pelayanan dan bimbingan di bidang pendidikan madrasah, pendidikan agama Islam, pendidikan diniyah dan pondok pesantren, pengelolaan kepenghuluan, pembinaan Kantor Urusan Agama Islam (KUA) dan keluarga sakinah, pemberdayaan masjid, pembinaan syariah dan hisab rukyat, penerangan agama Islam, pengelolaan zakat, pengelolaan wakaf, serta sistem informasi manajemen pendidikan dan bimbingan masyarakat Islam
(6) Seksi Urusan Agama Kristen mempunyai tugas melakukan pelayanan dan bimbingan di bidang pengelolaan lembaga dan keesaan gereja, penyuluhan dan tenaga teknis keagamaan, seni budaya dan keagamaan, serta sistem informasi manajemen urusan agama Kristen.
(7) Seksi Pendidikan Agama Kristen mempunyai tugas melakukan pelayanan dan bimbingan di bidang pengelolaan pendidikan agama kristen pada jenjang pendidikan tingkat dasar dan tingkat menengah, pendidikan keagamaan, serta sistem informasi manajemen pendidikan agama Kristen.
(8) Penyelenggara Haji dan Umrah mempunyai tugas melakukan pelayanan dan bimbingan di bidang pengelolaan pendaftaran dan sistem informasi haji, pembinaan haji, perjalanan dan dokumen, akomodasi dan Biaya Perjalanan Haji dan Umrah (BPIH), serta penyuluhan haji dan umrah.
(9) Penyelenggara Zakat dan Wakaf mempunyai tugas melakukan pelayanan dan bimbingan di bidang pengelolaan zakat dan pengelolaan wakaf serta sistem informasi manajemen zakat dan wakaf.
(10) Penyelenggara Bimbingan Masyarakat Kristen mempunyai tugas melakukan bimbingan dan pelayanan di bidang keagamaan pada masyarakat Kristen yang meliputi urusan agama Kristen, pendidikan agama dan pendidikan keagamaan Kristen serta sistem informasi manajemen bimbingan masyarakat Kristen.