Dengan Peraturan Daerah ini dibentuk Perangkat Daerah dengan susunan dan tipelogi sebagai berikut :
a. Sekretariat Daerah merupakan Sekretariat Daerah Tipe A yang melaksanakan fungsi staf;
b. Sekretariat Dewan Perwakilan Rakyat Daerah merupakan Sekretariat Dewan Perwakilan Rakyat Daerah Tipe B yang melaksanakan fungsi pelayanan administrasi dan pemberian dukungan terhadap tugas dan fungsi DPRD;
c. Inspektorat merupakan Inspektorat Tipe A yang melaksanakan fungsi pengawasan penyelenggaraan Pemerintahan Daerah;
d. Dinas Daerah merupakan unsur pelaksana urusan pemerintahan yang menjadi kewenangan Daerah Kabupaten, terdiri dari :
1. Dinas Pendidikan Tipe A, menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang pendidikan;
2. Dinas Kesehatan Tipe A, menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang kesehatan;
3. Dinas Pekerjaan Umum, Penataan Ruang, Perumahan Rakyat dan Kawasan Permukiman Tipe A, menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang pekerjaan umum dan penataan ruang serta urusan Perumahan Rakyat dan Kawasan Permukiman;
4. Satuan Polisi Pamong Praja Tipe B, menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang ketentraman dan ketertiban umum serta perlindungan masyarakat;
5. Dinas Pemadam Kebakaran dan Penyelamatan Tipe C, menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang ketentraman dan ketertiban umum serta perlindungan masyarakat sub urusan kebakaran;
6. Dinas Sosial Tipe B, menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang sosial;
7. Dinas Tenaga Kerja dan Transmigrasi Tipe A, menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang tenaga kerja dan urusan pemerintahan bidang transmigrasi;
8. Dinas Pemberdayaan Perempuan, Perlindungan Anak Pengendalian Penduduk dan Keluarga Berencana Tipe A, menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang Pemberdayaan Perempuan, Perlindungan Anak dan urusan pemerintahan bidang Pengendalian Penduduk dan Keluarga Berencana;
9. Dinas Ketahanan Pangan Tipe C, menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang pangan.
10. Dinas Lingkungan Hidup Tipe A, menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang lingkungan hidup dan bidang kehutanan;
11. Dinas Kependudukan dan Pencatatan Sipil Tipe A, menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang administrasi kependudukan dan pencatatan sipil;
12. Dinas Pemberdayaan Masyarakat dan Desa Tipe B, menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang pemberdayaan masyarakat dan desa;
13. Dinas Perhubungan Tipe B, menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang perhubungan;
14. Dinas Komunikasi dan Informatika Tipe B, menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang komunikasi dan informatika, urusan pemerintahan bidang persandian dan urusan pemerintahan bidang statistik;
15. Dinas Koperasi dan Usaha Kecil dan Menengah Tipe C, menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang koperasi, usaha mikro, kecil dan menengah;
16. Dinas Penanaman Modal dan Pelayanan Terpadu Satu Pintu Tipe A, menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang penanaman modal dan pelayanan terpadu satu pintu;
17. Dinas Pemuda dan Olahraga Tipe A, menyelenggarakan urusan pemerintahan kepemudaan dan olahraga;
18. Dinas Kebudayaan dan Pariwisata Tipe A, menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang kebudayaan dan urusan pemerintahan bidang pariwisata;
19. Dinas Perpustakaan dan Kearsipan Tipe C, menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang perpustakaan dan urusan pemerintahan bidang kearsipan;
20. Dinas Perikanan Tipe B, menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang perikanan;
21. Dinas Pertanian Tipe A, menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang pertanian, peternakan dan perkebunan; dan
22. Dinas Perdagangan dan Perindustrian Tipe B, menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang perdagangan dan urusan pemerintahan bidang perindustrian.
e. Badan Daerah merupakan unsur penunjang Urusan Pemerintahan yang menjadi kewenangan Daerah Kabupaten terdiri dari :
1. Badan Perencanaan Pembangunan, Penelitian dan Pengembangan Daerah Tipe A, melaksanakan fungsi penunjang perencanaan pembangunan
dan fungsi penunjang penelitian dan pengembangan;
2. Badan Keuangan dan Aset Daerah Tipe A, melaksanakan fungsi penunjang keuangan pada bidang pengelolaan keuangan dan aset daerah;
3. Badan Pendapatan Daerah Tipe A, melaksanakan fungsi penunjang keuangan pada bidang pendapatan daerah;
4. Badan Kepegawaian dan Pengembangan Sumber Daya Manusia Tipe A, melaksanakan fungsi penunjang kepegawaian, pendidikan dan pelatihan; dan
5. Badan Kesatuan Bangsa dan Politik Tipe A, melaksanakan fungsi penunjang pada bidang kesatuan bangsa dan politik.
f. Kecamatan sebagaimana dimaksud pada Pasal 4 huruf f terdiri dari :
1. Kecamatan Teluk Sampit dengan Tipe A;
2. Kecamatan Mentaya Hilir Selatan dengan Tipe A;
3. Kecamatan Pulau Hanaut dengan Tipe A;
4. Kecamatan Mentaya Hilir Utara dengan Tipe A;
5. Kecamatan Mentawa Baru Ketapang dengan Tipe A;
6. Kecamatan Seranau dengan Tipe A;
7. Kecamatan Baamang dengan Tipe A;
8. Kecamatan Kota Besi dengan Tipe A;
9. Kecamatan Cempaga dengan Tipe A;
10. Kecamatan Cempaga Hulu dengan Tipe A;
11. Kecamatan Telaga Antang dengan Tipe A;
12. Kecamatan Parenggean dengan Tipe A;
13. Kecamatan Mentaya Hulu dengan Tipe A;
14. Kecamatan Antang Kalang dengan Tipe A;
15. Kecamatan Telawang dengan Tipe A;
16. Kecamatan Bukit Santuai dengan Tipe A; dan
17. Kecamatan Tualan Hulu dengan Tipe A.
2. Ketentuan Pasal 9 diubah, sehingga berbunyi sebagai berikut :
Pada saat Peraturan Daerah ini mulai berlaku, maka :
a. Peraturan Daerah Kabupaten Kotawaringin Timur Nomor 16 Tahun 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Sekretariat Daerah dan Sekretariat DPRD Kabupaten kotawaringin Timur (Lembaran Daerah Kabupaten Kotawaringin Timur Tahun 2008 Nomor 19); sebagaimana telah diubah beberapa kali terakhir dengan Peraturan Daerah Kabupaten Kotawaringin Timur Nomor 2 Tahun 2014 tentang Perubahan Ketiga Atas Peraturan Daerah Kabupaten Kotawaringin Timur Nomor 16 Tahun 2008 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Sekretariat Daerah dan Sekretariat Dewan Perwakilan Rakyat Daerah Kabupaten Kotawaringin Timur (Lembaran Daerah Kabupaten Kotawaringin Timur Tahun 2012 Nomor 1);
b. Peraturan Daerah Kabupaten Kotawaringin Timur Nomor 17 Tahun 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Inspektorat Kabupaten Kotawaringin Timur (Lembaran Daerah Kabupaten Kotawaringin Timur Tahun 2008 Nomor 20);
c. Peraturan Daerah Kabupaten Kotawaringin Timur Nomor 18 Tahun 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Badan Perencanaan Pembangunan Daerah dan Lembaga Teknis Daerah Kabupaten Kotawaringin Timur (Lembaran Daerah Kabupaten Kotawaringin Timur Tahun 2008 Nomor 21, Tambahan Lembaran Daerah Kabupaten Kotawaringin Timur Nomor 187); sebagaimana telah diubah beberapa kali terakhir dengan Peraturan Daerah Nomor 6 Tahun 2015 tentang Perubahan Ketiga Atas Peraturan Daerah Kabupaten Kotawaringin Timur Nomor 18 Tahun 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Badan Perencanaan Pembangunan Daerah dan Lembaga Teknis
Daerah Kabupaten Kotawaringin Timur (Lembaran Daerah Kabupaten Kotawaringin Timur Tahun 2012 Nomor 6) kecuali pasal 39A, 39B, 39C, dan Pasal 47;
d. Peraturan Daerah Kabupaten Kotawaringin Timur Nomor 19 Tahun 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Dinas Daerah Kabupaten Kotawaringin Timur (Lembaran Daerah Kabupaten Kotawaringin Timur Tahun 2008 Nomor 22, Tambahan Lembaran Daerah Kabupaten Kotawaringin Timur Nomor 188); sebagaimana telah diubah beberapa kali terakhir dengan Peraturan Daerah Nomor 3 Tahun 2012 tentang Perubahan Kedua Atas Peraturan Daerah Kabupaten Kotawaringin Timur Nomor 19 Tahun 2008 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Dinas Daerah Kabupaten Kotawaringin Timur (Lembaran Daerah Kabupaten Kotawaringin Timur Tahun 2012 Nomor 3); dan
e. Peraturan Daerah Kabupaten Kotawaringin Timur Nomor 20 Tahun 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kecamatan dan Kelurahan Kabupaten Kotawaringin Timur (Lembaran Daerah Kabupaten Kotawaringin Timur Tahun 2008 Nomor 23, Tambahan Lembaran Daerah Kabupaten Kotawaringin Timur Nomor 189), kecuali ketentuan yang mengatur kelurahan,dicabut dan dinyatakan tidak berlaku.
4. Diantara Pasal 20 dan Pasal 21 disisipkan 1 (satu) Pasal yaitu Pasal 20A, sehingga Pasal 20A berbunyi sebagai berikut :