Direktorat Harmonisasi Peraturan Perundang-undangan II menyelenggarakan fungsi:
a. penyiapan perumusan kebijakan dan koordinasi kebijakan harmonisasi Rancangan UNDANG-UNDANG, Rancangan PERATURAN PEMERINTAH Pengganti UNDANG-UNDANG, Rancangan PERATURAN PEMERINTAH, dan Rancangan Peraturan PRESIDEN di tingkat pusat bidang moneter, jasa keuangan, badan usaha milik negara, penanaman modal, perencanaan pembangunan nasional, fiskal, sumber daya alam, lingkungan hidup, kehutanan, prasarana, agraria, tata ruang, perindustrian, perdagangan, riset dan teknologi;
b. penyiapan pelaksanaan kebijakan harmonisasi rancangan UNDANG-UNDANG, Rancangan UNDANG-UNDANG, Rancangan PERATURAN PEMERINTAH Pengganti UNDANG-UNDANG, Rancangan PERATURAN PEMERINTAH, dan Rancangan Peraturan PRESIDEN di tingkat pusat bidang moneter, jasa keuangan, badan usaha milik negara, penanaman modal, perencanaan pembangunan nasional, fiskal, sumber daya alam, lingkungan hidup, kehutanan, prasarana, agraria, tata ruang, perindustrian, perdagangan, riset dan teknologi;
c. pemberian bimbingan teknis dan supervisi harmonisasi Rancangan UNDANG-UNDANG, Rancangan PERATURAN PEMERINTAH Pengganti UNDANG-UNDANG, Rancangan PERATURAN PEMERINTAH, dan Rancangan Peraturan PRESIDEN di tingkat pusat bidang moneter, jasa keuangan, badan usaha milik negara, penanaman modal, perencanaan pembangunan nasional, fiskal, sumber daya
alam, lingkungan hidup, kehutanan, prasarana, agraria, tata ruang, perindustrian, perdagangan, riset dan teknologi;
d. pelaksanaan harmonisasi pembulatan, dan pemantapan konsepsi Rancangan UNDANG-UNDANG, Rancangan PERATURAN PEMERINTAH Pengganti UNDANG-UNDANG, Rancangan PERATURAN PEMERINTAH, dan Rancangan Peraturan PRESIDEN di bidang moneter, jasa keuangan, badan usaha milik negara, penanaman modal, perencanaan pembangunan nasional, fiskal, sumber daya alam, lingkungan hidup, kehutanan, prasarana, agraria, tata ruang, perindustrian, perdagangan, riset dan teknologi; dan
e. pelaksanaan pemantauan, evaluasi, dan pelaporan harmonisasi Rancangan UNDANG-UNDANG, Rancangan PERATURAN PEMERINTAH Pengganti UNDANG-UNDANG, Rancangan PERATURAN PEMERINTAH, dan Rancangan Peraturan PRESIDEN di tingkat pusat bidang moneter, jasa keuangan, badan usaha milik negara, penanaman modal, perencanaan pembangunan nasional, fiskal, sumber daya alam, lingkungan hidup, kehutanan, prasarana, agraria, tata ruang, perindustrian, perdagangan, riset dan teknologi.