Beberapa ketentuan dalam Keputusan PRESIDEN Nomor 117 Tahun 2000 tentang Sekretariat Negara diubah sebagai berikut :
1. Ketentuan …
1. Ketentuan Pasal 4 diubah, sehingga berbunyi sebagai berikut:
"Pasal 4
(1) Sekretariat Negara terdiri dari :
a. Deputi Bidang Pemberdayaan Sumber Daya;
b. Deputi Bidang Dukungan Kebijakan;
c. Deputi Bidang Hubungan Lembaga Negara dan Lembaga Masyarakat;
d. Deputi Bidang Administrasi;
e. Staf Ahli Bidang Persatuan dan Kesatuan Bangsa;
f. Staf Ahli Bidang Perekonomian;
g. Staf Ahli Bidang Kesejahteraan Rakyat;
h. Staf Ahli Bidang Pendidikan;
i. Staf Ahli Bidang Ilmu Pengetahuan dan Teknologi.
(2) Sekretariat Negara dapat membentuk Pusat, yang pelaksanaannya dilakukan sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan yang berlaku.
(3) Untuk kelancaran pelaksanaan tugas dan fungsi Sekretariat Negara, di lingkungan Deputi Bidang Administrasi dibentuk Unit Kesehatan dan Unit Keamanan Dalam yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Biro Umum."
2. Ketentuan …
2. Ketentuan Pasal 9 diubah, sehingga berbunyi sebagai berikut :
"Pasal 9
Staf Ahli mempunyai tugas membantu Sekretaris Negara dalam melaksanakan pengkajian, penelaahan, dan pemikiran serta saran dalam bidang tertentu baik atas permintaan Sekretaris Negara maupun atas prakarsa sendiri."
3. Diantara Pasal 9 dan Pasal 10 ditambahkan 5 (lima) Pasal baru, yaitu Pasal 9 A, Pasal 9 B, Pasal 9 C, Pasal 9 D, dan Pasal 9 E yang berbunyi sebagai berikut:
"Pasal 9 A
Staf Ahli Bidang Persatuan dan Kesatuan Bangsa mempunyai tugas melaksanakan pengkajian, penelaahan, dan pemikiran serta saran dalam bidang persatuan dan kesatuan bangsa.
Pasal 9 B
Staf Ahli Bidang Perekonomian mempunyai tugas melaksanakan pengkajian, penelaahan, dan pemikiran serta saran dalam bidang perekonomian.
Pasal 9 C …
Pasal 9 C
Staf Ahli Bidang Kesejahteraan Rakyat mempunyai tugas melaksanakan pengkajian, penelaahan, dan pemikiran serta saran dalam bidang kesejahteraan rakyat.
Pasal 9 D
Staf Ahli Bidang Pendidikan mempunyai tugas melaksanakan pengkajian, penelaahan, dan pemikiran serta saran dalam bidang pendidikan.
Pasal 9 E
Staf Ahli Bidang Ilmu Pengetahuan dan Teknologi mempunyai tugas melaksanakan pengkajian, penelaahan, dan pemikiran serta saran dalam bidang ilmu pengetahuan dan teknologi."
4. Ketentuan Pasal 17 diubah, sehingga berbunyi sebagai berikut :
“Pasal 17 …
"Pasal 17
(1) Deputi adalah jabatan eselon Ia.
(2) Staf Ahli adalah jabatan eselon Ib.
(3) Kepala Pusat dan Kepala Biro adalah jabatan eselon IIa.
(4) Kepala Bidang dan Kepala Bagian adalah jabatan eselon IIIa.
(5) Kepala Unit adalah jabatan setinggi-tingginya eselon IIIa.
(6) Kepala Subbagian adalah jabatan eselon IVa."
5. Ketentuan Pasal 18 diubah, sehingga berbunyi sebagai berikut :
"Pasal 18
(1) Sekretaris Negara diangkat dan diberhentikan oleh PRESIDEN.
(2) Deputi dan Staf Ahli diangkat dan diberhentikan oleh PRESIDEN atas usul Sekretaris Negara.
(3) Kepala Pusat, Kepala Biro, Kepala Bidang, Kepala Bagian, Kepala Unit, dan Kepala Subbagian diangkat dan diberhentikan oleh Sekretaris Negara.
(4) Pejabat fungsional diangkat dan diberhentikan oleh Sekretaris Negara sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan yang berlaku."
Pasal II …