Beberapa ketentuan dalam Keputusan PRESIDEN Nomor 165 Tahun 2000 tentang Kedudukan, Tugas, Fungsi, Kewenangan, Susunan Organisasi, dan Tata Kerja Departemen diubah sebagai berikut:
1. Ketentuan Pasal 79 diubah, sehingga seluruhnya berbunyi sebagai berikut :
"Pasal 79
(1) Sekretaris Jenderal, Direktur Jenderal, Inspektur Jenderal, dan Kepala Badan serta Staf Ahli diangkat dan diberhentikan oleh PRESIDEN.
(2) Kepala Biro, Direktur, Inspektur, Kepala Pusat, dan pejabat lain yang setingkat di lingkungan Departemen diangkat dan diberhentikan oleh Menteri yang bersangkutan.
(3) Pejabat lainnya di lingkungan Departemen diangkat dan diberhentikan oleh Sekretaris Jenderal atas usul Direktur Jenderal/Inspektur Jenderal/Kepala Badan berdasarkan pelimpahan wewenang dari Menteri yang bersangkutan."
2. Ketentuan Pasal 83 huruf c dan huruf e diubah sehingga seluruhnya berbunyi sebagai berikut :
"Pasal 83
c. Departemen Pertahanan :
1) Sekretariat Jenderal dapat terdiri dari sebanyak-banyaknya 6 (enam) Biro, masing-masing Biro dapat terdiri dari sebanyak-banyaknya 4 (empat) Bagian, dan masing- masing Bagian dapat terdiri dari sebanyak-banyaknya 3 (tiga) Subbagian;
2) Inspektorat Jenderal terdiri dari :
a) Sekretariat Inspektorat Jenderal dapat terdiri dari sebanyak-banyaknya 5 (lima) Bagian, dan masing- masing Bagian dapat terdiri dari sebanyak-banyaknya 4 (empat) Subbagian;
b) Inspektorat terdiri dari sebanyak-banyaknya 5 (lima) Inspektorat dan masing-masing Inspektorat membawahkan Kelompok Jabatan Fungsional;
3) Direktorat Jenderal terdiri dari :
a) Sekretariat Direktorat Jenderal dapat terdiri dari sebanyak-banyaknya 4 (empat) Bagian, dan masing- masing Bagian dapat terdiri dari sebanyak-banyaknya 3 (tiga) Subbagian;
b) Direktorat terdiri dari sebanyak-banyaknya 6 (enam) Direktorat, masing-masing Direktorat dapat terdiri dari sebanyak-banyaknya 5 (lima) Subdirektorat, dan masing-masing Subdirektorat dapat terdiri dari sebanyak-banyaknya 4 (empat) Seksi;
4) Badan terdiri dari :
a) Sekretariat Badan dapat terdiri dari sebanyak-banyaknya 4 (empat) Bagian, dan masing-masing Bagian dapat terdiri dari sebanyak-banyaknya 3 (tiga) Subbagian;
b) Pusat terdiri dari sebanyak-banyaknya 5 (lima) Pusat, masing-masing Pusat dapat terdiri dari sebanyak- banyaknya 3 (tiga) Bidang, dan masing-masing Bidang dapat terdiri dari sebanyak-banyaknya 3 (tiga) Subbidang.
c. Departemen Agama :
1) Sekretariat Jenderal dapat terdiri dari sebanyak-banyaknya 6 (enam) Biro, masing-masing Biro dapat terdiri dari sebanyak- banyaknya 4 (empat) Bagian, dan masing-masing Bagian dapat terdiri dari sebanyak-banyaknya 3 (tiga) Subbagian;
2) Inspektorat Jenderal terdiri dari :
a) Sekretariat Inspektorat Jenderal dapat terdiri dari sebanyak-banyaknya 4 (empat) Bagian, dan masing- masing Bagian dapat terdiri dari sebanyak-banyaknya 3 (empat) Subbagian;
b) Inspektorat terdiri dari sebanyak-banyaknya 5 (lima) Inspektorat dan masing-masing Inspektorat membawahkan Kelompok Jabatan Fungsional;
3) Direktorat Jenderal terdiri dari:
a) Sekretariat Direktorat Jenderal dapat terdiri dari sebanyak- banyaknya 4 (empat) Bagian, dan masing-masing Bagian dapat terdiri dari sebanyak-banyaknya 3 (tiga) Subbagian;
b) Direktorat terdiri dari sebanyak-banyaknya 6 (enam) Direktorat, masing-masing Direktorat dapat terdiri dari sebanyak-banyaknya 5 (lima) Subdirektorat, dan masing- masing Subdirektorat dapat terdiri dari sebanyak- banyaknya 4 (empat) Seksi;
4) Badan terdiri dari:
a) Sekretariat Badan dapat terdiri dari sebanyak-banyaknya 4 (empat) Bagian, dan masing-masing Bagian dapat terdiri dari sebanyak-banyaknya 3 (tiga) Subbagian;
b) Pusat terdiri dari sebanyak-banyaknya 5 (lima) Pusat, masing-masing Pusat dapat terdiri dari sebanyak- banyaknya 3 (tiga) Bidang, dan masing-masing Bidang dapat terdiri dari sebanyak-banyaknya 3 (tiga) Subbidang."