Beberapa ketentuan dalam Keputusan PRESIDEN Nomor 49 Tahun 2000 tentang Dewan Pertimbangan Otonomi Daerah sebagaimana telah diubah dengan Keputusan PRESIDEN Nomor 84 Tahun 2000 diubah sebagai berikut :
1. Ketentuan Pasal 5 ayat (1) diubah, sehingga berbunyi sebagai berikut :
"Pasal 5
(1) Susunan keanggotaan DPOD terdiri dari :
a. Menteri Dalam Negeri dan Otonomi Daerah sebagai Ketua merangkap Anggota;
b. Menteri Keuangan sebagai Wakil Ketua merangkap Anggota;
c. Menteri Pertahanan sebagai Anggota;
d. Menteri Negara Pendayagunaan Aparatur Negara sebagai Anggota;
e. Sekretaris Negara sebagai Anggota;
f. Kepala Badan Perencanaan Pembangunan Nasional sebagai Anggota;
g. Perwakilan Asosiasi Pemerintah Daerah sebagai Anggota :
1. Gubernur Jawa Barat sebagai Wakil Asosiasi Pemerintah Propinsi;
2. Bupati Kutai sebagai Wakil Asosiasi Pemerintah Kabupaten;
3. Walikota Surabaya sebagai Wakil Asosiasi Pemerintah Kota.
h. Wakil-wakil Daerah, sebagai Anggota, terdiri dari :
1. Prof. DR. TABRANI RAB, dari Propinsi Riau sebagai Wakil Daerah Propinsi;
2. Drs. H.M. PARAWANSA, dari Propinsi Sulawesi Selatan, sebagai Wakil Daerah Propinsi;
3. H. KAMARUDDIN HASYBULLAH, SE, dari Kabupaten Aceh Utara, sebagai Wakil Daerah Kabupaten;
4. Ir. H.M. SAID, dari Kabupaten Hulu Sungai Selatan, sebagai Wakil Daerah Kabupaten;
5. Drs. ELIAZER MAYOR, dari Kota Sorong, sebagai Wakil Daerah Kota;
6. H. BACHTIAR DJAFAR,dari Kota Medan sebagai Wakil Daerah Kota".
2. Ketentuan Pasal 9 ayat (3) dan ayat (4) diubah dan ditambah ayat (6), sehingga Pasal 9 seluruhnya berbunyi sebagai berikut:
"Pasal 9
(1) Sekretariat DPOD membawahi :
a. Sekretariat Bidang Otonomi Daerah;
b. Sekretariat Bidang Pertimbangan Keuangan Pusat dan Daerah.
(2) Sekretariat Bidang Otonomi Daerah dan Sekretariat Bidang Pertimbangan Keuangan pusat dan Daerah masing-masing dipimpin oleh seorang Kepala Sekretariat Bidang.
(3) Anggota Sekretariat Bidang Otonomi Daerah terdiri dari unsur Departemen Dalam Negeri dan Otonomi Daerah, Departemen Keuangan, Kantor Menteri Negara Pendayagunaan Aparatur Negara, Badan Perencanaan Pembangunan Nasional, dan Instansi terkait.
(4) Anggota Sekretariat Bidang Perimbangan Keuangan Pusat dan Daerah terdiri dari unsur-unsur terkait, sebanyak 3 (tiga) orang dari Departemen Keuangan, 2 (dua) orang dari Departemen Dalam negeri dan Otonomi Daerah dan 1 (satu) orang dari Bidang Perencanaan Pembangunan Nasional.
(5) Anggota sebagaimana dimaksud dalam ayat (3) dan ayat (4), diangkat dan diberhentikan oleh Ketua DPOD atas usul Kepala Sekretariat masing-masing Bidang.
(6) Sekretariat DPOD berkedudukan di Departemen Dalam Negeri dan Otonomi Daerah."
3. Ketentuan Pasai 11 ayat (2) dan ayat (3) diubah, sehingga Pasal 11 seluruhnya berbunyi sebagai berikut :
"Pasal 11
(1) Sekretariat DPOD dijabat oleh Direktur Jenderal Pemerintahan Umum Daerah pada Departemen Dalam negeri dan Otonomi Daerah.
(2) Wakil Sekretaris DPOD dijabat oleh Sekretaris Jenderal Departemen Keuangan.
(3) Kepala Sekretariat Bidang Otonomi Daerah dijabat oleh Pejabat Eselon I dari Departemen Dalam Negeri dan otonomi Daerah.
(4) Kepala Sekretariat Bidang Perimbangan Keuangan Pusat dan Daerah dijabat oleh Kepala Bidang Analisa Keuangan dan Moneter, Departemen Keuangan."
4. Ketentuan Pasal 12 diubah, sehingga berbunyi sebagai berikut:
"Pasal 12
(1) Untuk kelancaran tugas Sekretaris DPOD dibentuk Asisten Sekretaris DPOD yang dijabat oleh Direktur Pemerintahan Daerah, Direktorat Jenderal Pemerintahan Umum Daerah, Departemen Dalam Negeri dan Otonomi Daerah.
(2) Dalam menjalankan tugasnya Asisten Sekretariis DPOD bertanggung jawab kepada Sekretaris DPOD.
(3) Asisten Sekretaris DPOD dibantu oleh Wakil Asisten dan pembantu Asisten yang bekerja penuh waktu, yang ditetapkan oleh Sekretaris DPOD."
5. Ketentuan Pasal 12 ayat (3) diubah, sehingga Pasal 12 A seluruhnya berbunyi sebagai berikut:
"Pasal 12A
(1) Untuk membantu kelancaran pelaksanaan tugas Sekretariat Bidang otonomi Daerah dan Sekretariat Bidang Perimbangan Keuangan Pusat dan Daerah, dibentuk Tim Teknis.
(2) Tim Teknis mempunyai tuhas untuk melakukan pengkajian dan apabila diperlukan dapat melakukan penelitian ilmiah dalam rangka menyiapkan bahan rekomendasi sesuai bidang tugas masing-masing Sekretariat Bidang.
(3) Dalam pelaksanaan tugasnya, Tim Teknis dapat membentuk Kelompok Kerja dan bekerja sama dengan Perguruan Tinggi dan/atau Tenaga Ahli sebagai nara sumber.
(4) Susunan keanggotaan Tim teknis sebagaimana dimaksud dalam ayat
(1) ditetapkan oleh Sekretaris DPOD".